Zakres zadań pionu usług wodnych obejmuje w szczególności:

1. prowadzenie postępowań administracyjnych w sprawach dotyczących udzielania zgód wodnoprawnych, w tym przyjmowania zgłoszeń wodnoprawnych, wydawanie pozwoleń wodnoprawnych, z wyłączeniem postępowań w sprawach, w których właściwe są inne piony;
2. prowadzenie i obsługę spraw związanych z instrumentami ekonomicznymi służącymi gospodarowaniu wodami, w tym z:
   • opłatami za usług wodne,
   • opłatami podwyższonymi,
   • należnościami za korzystanie ze śródlądowych dróg wodnych i ich odcinków oraz urządzeń wodnych stanowiących własność Skarbu Państwa, usytuowanych na śródlądowych wodach powierzchniowych,
   • opłatami za legalizację urządzeń wodnych,
   • opłatami rocznymi za oddawanie w użytkowanie gruntów pokrytych wodami stanowiących własność Skarbu Państwa,
   • wpływami z tytułu rozporządzaniami nieruchomościami niebędącymi gruntami pokrytymi wodami stanowiącymi własność Skarbu Państwa,
   • opłatami rocznymi za oddanie w użytkowanie obwodów rybackich,
   • opłatami za wydanie zezwolenia na uprawianie amatorskiego połowy ryb;
3. wykonywanie kontroli gospodarowania wodami;
4. prowadzenie spraw związanych z oddaniem w użytkowanie wód i gruntów pokrytych wodami oraz dysponowanie pozostałymi nieruchomościami;
5. współpracę z właściwymi organami w zakresie śródlądowych dróg wodnych o szczególnym znaczeniu transportowym;
6. prowadzenie spraw związanych z turystycznym wykorzystywaniem wód, w tym z drogami wodnymi administrowanymi przez Wody Polskie;
7. prowadzenie spraw dotyczących gospodarki rybackiej;
8. prowadzenie spraw związanych z hydroenergetyką, w zakresie elektrowni wodnych stanowiących własność Skarbu Państwa i innych podmiotów;
9. prowadzenie działalności gospodarczej w ramach Wód Polskich;
10. bieżącą współpracę z użytkownikami wód, w tym z: zakładami, jednostkami samorządu terytorialnego, podmiotami korzystającymi z usług wodnych, spółkami wodnymi;
11. prowadzenie szkoleń dla użytkowników wód.